Từ Bruxelles, ngày 9.9, Carlos I bổ nhiệm tư lệnh quân đội Inigo Fernandez và đô đốc hải quân Fadrique Enriquez làm nhiếp chính và phó vương, với toàn quyền cải tổ, ngưng bắn, hay thương thuyết. Ngày 5.12, một đạo quân hùng mạnh do bá tước Haro, con vị tư lệnh quân đội, chỉ huy tiến đến trước dinh Tordesillas. Một trận đánh quyết liệt diễn ra. Cuối cùng, quân đội triều đình thắng. Don Juan Estabán Manrique, con trai cả của công tước Nájera, chỉ huy bộ binh Navarra, được em là Rodrigo giúp, là người đầu tiên vào được dinh, giải phóng thái hậu và công chúa. Phong trào Công Xã bị đè bẹp trong trận đánh tại Villalar ngày 23.4.1521. Ba người đứng đầu là Padilla, Bravo và Maldonodo bị xử tử[32]. Các thành phố Castilla mất quyền tự trị về chính trị. Theo Pierre Chaunu, “cuộc nổi dậy lớn nhất trong Chế Độ Cũ kết thúc một cách hợp luận lý bằng một thảm bại”[33].
Ở Nájera, ngày 14.9.1520 nhóm Công xã chiếm đóng lâu đài công tước và hai pháo đài, bao vây pháo đài thứ ba, làm chủ thành phố, giải nhiệm các quan chức, lùng bắt những người trung thành với công tước và treo cổ một nhà quí tộc. Họ báo cáo lên Hội Đồng Công Xã, và xin tiếp viện. Nájera nằm ngay cửa ngõ Navarra, nên đối với phó vương, đây là một vụ nghiêm trọng. Ông thân chinh dẫn 2000 quân từ Navarra tiến về Nájera, và được đón tiếp bằng đại pháo! Nhưng vì quân nổi dậy không có viện binh, nên chỉ sau 4 ngày ông làm chủ được tình hình. Kết quả là những người nổi dậy bị bắt giam, tịch thu tài sản; 4 thủ lãnh bị hành quyết; quân lính được tự do cướp phá “theo tập tục chiến tranh”[34].
Trong những ngày tháng ấy, thánh I-nhã làm gì? Đây là lần đầu tiên ngài chiến đấu bằng võ khí trong đoàn quân của công tước. Dân Nájera kể lại là ngài vung kiếm hăng hái đánh đuổi loạn quân tại góc đường La Fuente và Mayor. Polanco cho biết ngài đã chiến đấu “với lòng can đảm và quảng đại của một trái tim cao quý”[35]. Nhưng ngài từ chối tham dự vào việc cướp phá[36]. Polanco viết: “chiến đấu anh dũng, ngay trên tuyến đầu, để tái chiếm (Nájera), lẽ ra ngài có thể thu được nhiều chiến lợi phẩm, nhưng ngài không làm vì coi đó là hành động đáng hổ thẹn và không xứng đáng”[37]. Chỉ mấy hôm sau, ngày 19, ngài theo Don Antonio trở lại Pamplona. Có thể chiến thắng Nájera chẳng những đem lại cho ngài vinh quang mà còn giúp quyết tâm liều chết bảo vệ pháo đài Pamplona 9 tháng sau đó.
