4. Đùa với tử thần
Năm 1639 tất cả 6 Giêsu hữu bị chính quyền đuổi khỏi Đàng Trong. Với tình hình này, Bề trên phải tìm một người trước đây đã quen thuộc với xã hội Đàng Trong để can đảm và mau lẹ ứng xử với mọi tình huống về mặt tôn giáo. Ai đây? Phải chọn Rhodes thôi, lúc này cha vừa đúng 47 tuổi.
Từ năm 1640-1645, Rhodes ở Đàng Trong, đôi khi có vài anh em đến trợ lực n hư cha Alberto và Mattos ở được vài tháng. Trong thực tế, Rhodes như “kẻ một mình một chợ” trong suốt thời gian trên, tha hồ mà sáng kiến, tha hồ mà chống chọi, tâm hồn thì rất an hòa thư thái, nhưng thân xác thì rong ruổi khắp Đàng Trong, khi trên bộ lúc dưới thuyền, sống chết lúc nào không hay. Hai lần bị bắt, một lần bị chính chúa Nguyễn Phước Lan lên án tử hình, nhưng rồi nhờ có vị Thái sư can gián, nên đổi ra án trục xuất khỏi xứ sở, nếu còn đến Đàng Trong lần nữa sẽ bị tiền trảm hậu tấu.
Tổng cộng trong giai đoạn này, 4 lần đi về giữa Áo Môn-Đàng Trong thật là cực khổ; mỗi lần tạm rút lui khỏi Đàng Trong cũng có nghĩa như bị chính quyền hoàn toàn trục xuất khỏi đây. Thời gian những lần đi về:
Tháng 2-1640 đến tháng 8-1640;
Tháng 12-1640 đến tháng 7-1641;
Tháng 1-1642 đến tháng 7-1643;
Tháng 1-1644 đến tháng 7-1645.
5. Bao la mà vẫn chật chội
Rhodes phải rời bỏ Đàng Trong ngày 3-7-1645 (nơi khác Rhodes lại ghi là ngày 9-7-1645)[7], mang theo di tích thánh là sọ của thầy giảng Anrê Phú Yên tử đạo tại Gò Xử ở Thành Chiêm ngày 26-7-1644 chính Rhodes chứng nhận tận mắt. Từ đó trở đi không bao giờ Rhodes đến nứơc Đại Việt này nữa.
Theo lời yêu cầu của Bề trên Dòng Tên ở Áo Môn, ngày 20-12-1645 Rhodes đáp tàu về Roma, để trình bày với Bề trên Cả Dòng Tên về tình hình Tỉnh Dòng Nhật Bản, với Tòa thánh về thực trạng Giáo hội Việt Nam. Đường về Roma đối với Rhodes còn nguy hiểm gian nan hơn cả những chuyến vượt biển trước đây, bởi vừa lâu dài, vừa bị người Hà Lan bắt giam, gần 3 tháng ở Jakarta vì dám dâng Thánh lễ ở đây là nơi do người Hà Lan theo đạo Tin Lành cai quản. Ngày 27-6-1649 mới “vác xác” về tới “Kinh thành muôn thuở” sau một cuộc hành trình 3 năm 6 tháng!
Bận việc quá! Tại Roma, nhà truyền giáo số 1 ở Việt Nam vừa phải lo xuất bản 5 cuốn sách để nói cho Giáo hội Châu Âu biết về Giáo hội Việt, về thành quả chữ quốc ngữ, lại phải vận động chạy ngược chạy xuôi, đến cả xứ Piémont, Thuỵ Sĩ để tìm mấy ứng viên giám mục cho xứ Con Rồng Cháu Tiên theo ý Tòa thánh. In sách thì được rồi, nhưng chẳng ai muốn đi làm giám mục ở nơi xa xôi hẻo lánh quá là khác lạ với Châu Âu.
Được sự chấp thuận của Thánh bộ Truyền giáo, Rhodes trở sang Pháp, đi tìm ứng viên giám mục. Cuối năm 1652, Rhodes bỏ Roma về Lyon, lên Paris thực hiện cho được mục đích. May quá, trong nhóm Bạn hiền (Bons Amis), ba linh mục trẻ có đủ khả năng, sẵn sàng đi làm giám mục ở đất Việt.
Nhưng, khốn thay, chính Đức thánh cha Innocens XI lúc đó lại không muốn cho người Pháp giữ trọng trách này, còn vua Bồ Đào Nha thì cực lực phản đối, lại còn dọa, nếu Tòa thánh cử người Pháp vào sứ vụ này, đế quốc rộng lớn Bồ Đào Nha sẽ không vâng phục Tòa thánh nữa. Sợ! Đức thánh cha liền yêu cầu cha Bề trên Cả Dòng Tên Goswinus Nickel chuyển Rhodes đi khỏi Pháp.
