Những người quen biết đến với ngài và ngài tiếp tục làm việc tông đồ như thường. Đặc biệt bà Teresa de Cardenas, một phụ nữ quý tộc và rất sùng mộ bí tích Thánh Thể đến nỗi được gọi bằng biệt danh là “bà điên của Chúa Thánh Thể”. Một số sinh viên và giáo sư cũng đến thăm ngài. Giáo sư Jorje Naveros một hôm đến thăm ngài và mải mê chuyện trò với ngài đến nỗi quên cả tiết dạy. Đến lớp trễ, vị giáo sư xin lỗi và kể về cuộc gặp gỡ: “Tôi đã gặp thánh Phaolô bị xiềng xích.”[71]
42 ngày trôi qua kể từ khi kẻ ấy bị bắt giam đến hôm được thả. Hai phụ nữ sốt sắng đã trở về, và viên kiểm sát vào nhà giam đọc bản án. Kẻ ấy được tự do, nhưng kẻ ấy và các bạn cùng chí hướng phải mặc quần áo giống các sinh viên khác, và không được đề cập các vấn đề thuộc về đức tin trong vòng 4 năm[72], cho tới khi học hành đến nơi đến chốn, vì như lúc ấy thì chưa đủ. Với bản án, kẻ ấy hơi phân vân không biết phải làm gì. Hình như kẻ ấy bị đóng cửa, không cho giúp đỡ các linh hồn, vì người ta không nêu lý do nào khác ngoài việc chưa học đủ.[73]
Khi ba phụ nữ sốt sắng về, mọi sự sáng tỏ ngay: thánh I-nhã được thả ngày 1.6.1527. Mặc dù không bị kết án về giáo lý, nhưng ngài vẫn bị cấm làm việc tông đồ. Ngài không phải là giáo sĩ, nên theo nguyên tắc không có quyền giảng dạy giáo lý. Ngài và các bạn không phải là tu sĩ nên theo nguyên tắc không được phép mặc đồng phục. Nói chung là Tòa Án Giáo Lý thấy nên ‘phòng bệnh hơn chữa bệnh’. Việc không mặc đồng phục đối với ngài không thành vấn đề, nhưng giúp đỡ các linh hồn là điều ngài không thể nhượng bộ được. Cuối cùng, kẻ ấy quyết định đi gặp Đức Tổng Giám Mục Fonseca của Toledo để ngài xem xét sự việc[74]. Hy vọng vị tổng giám mục Toledo có thể thay đổi quyết định của tòa án, ngài đi bộ gần 200 km, vượt dãy núi Guadarrama đến Valladolid để gặp trực tiếp. Đương nhiên là vị tổng giám mục không can thiệp vào việc của Tòa Án Giáo Lý, nên thánh I-nhã quyết định bỏ Alcalá đi Salamanca.
Thánh I-nhã cho rằng ngài học ở Alcalá “một năm rưỡi”[75], nhưng thực ra chỉ là 16 tháng, từ tháng 3 năm 1526 đến tháng 7 năm 1527. Kết quả thời gian này? Điều chính yếu là học hành: hình như không có gì đáng kể. Có lẽ điều quan trọng nhất là ngài kinh nghiệm cụ thể về môi trường phức tạp của một Hội Thánh đang chuyển mình. Một bên là những trào lưu, cả trí thức cũng như bình dân, không muốn Hội Thánh giậm chân tại chỗ, một bên là giáo quyền muốn bảo vệ giáo lý và kỷ luật truyền thống. Không cẩn thận có thể rơi vào lạc giáo, hay ít là trở thành người đứng bên lề Hội Thánh. Nhưng ngay cả khi nhiệt thành với Hội Thánh, vẫn có thể chẳng những bị giam giữ mà còn bị cấm hoạt động tông đồ nữa.
Cũng tại Alcalá, nhóm bạn cùng chí hướng của ngài gần như chính thức thành hình: ngài không sống một mình nữa, nhưng chia sẻ đời sống và việc làm với những người bạn. Ngoài ra, cách sống của ngài sẽ có ảnh hưởng về lâu về dài trên một số người gặp ngài tại Alcalá. Trước hết là một sinh viên người Basco, Martín de Olabe, người đầu tiên bố thí cho thánh I-nhã tại Alcalá[76], sau này sẽ vào Dòng Tên năm 1552 tại Rôma. Kế đến là hai anh em Miguel và Diego de Eguía y Jassu, bà con với thánh Phanxicô Xavier: người anh phụ trách nhà in của đại học Alcalá, và đã ấn hành cuốn Thủ Bản của Eramus rồi cuốn Gương Chúa Giêsu bằng tiếng Tây Ban Nha; người em sau này làm linh mục năm 1536 và gia nhập Đoàn Giêsu tại Venezia năm 1537. Tại Alcalá, thánh I-nhã xin một cha giáo sư người Bồ Đào Nha tên là Manuel Miona làm linh hướng: chính cha này đã khuyên ngài đọc cuốn Thủ Bản, và sau này gia nhập Dòng Tên năm 1544 tại Rôma. Chúng ta không thể quên cặp bài trùng Diego Laínez và Alfonso Salmeron: cả hai biết thánh I-nhã khi đang học tại Alcalá, sau này sẽ gặp lại ngài ở Paris và gia nhập nhóm sẽ được gọi là Các Cha Đầu Tiên của Dòng Tên.
