Thánh I-nhã bị vị linh mục thông thái dồn vào một lưỡng đao luận: ngài chưa học thần học! Nếu nhận là do Chúa Thánh Thần soi sáng, ngài sẽ bị kết án là alumbrado, nghĩa là rối đạo. Thinh lặng giây lát, rồi ngài nói không cần phải thêm gì nữa. Vị tu sĩ dằn giọng: “Hiện nay, biết bao lầm lạc của Erasmus và của nhiều người khác đang lừa gạt thiên hạ, vậy mà anh không chịu giải thích mình giảng dạy những gì sao ?” Ngài đáp: “Thưa cha, con không nói gì thêm nữa, trừ khi đến trước các bề trên có quyền buộc con phải nói.” Ngài thẳng thắn: “Thưa cha, con không nói gì thêm nữa, trừ khi đến trước các bề trên có quyền buộc con phải nói.”[80]
Đúng vào thời điểm ấy, từ ngày 27 tháng 7 đến ngày 13 tháng 8, một hội nghị tại Valladolid qui tụ hơn 30 nhà thần học Tây Ban Nha đang thảo luận về 17 điểm rút ra từ các tác phẩm của Erasmus bị nghi là rối đạo. Ở Tây Ban Nha, nhà tư tưởng cải cách người Hà Lan này được một số người ủng hộ nồng nhiệt, nhưng cũng bị nhiều người chống đối gay gắt. Nhưng sau 20 phiên họp, hội nghị như bị chìm trong hỏa mù, nên cuối cùng giải tán mà không kết luận được gì[81].
Sau ba ngày, một viên kiểm sát đến dẫn họ vào nhà giam. Họ không bị nhốt bên dưới, chung với các thường phạm, nhưng ở phòng phía trên, vì phòng này đã cũ và không dùng đến, nên rất dơ bẩn. Hai người bị buộc vào nhau bằng một sợi xích, mỗi người một chân. Sợi xích này dài chừng hơn 3 mét, được buộc vào một cái cột ở giữa phòng. Mỗi khi một người muốn làm gì thì người kia phải đi theo. Suốt đêm họ không ngủ. Hôm sau, khi nghe tin họ bị giam, bạn bè trong thành phố gởi vào nhà giam cho họ những gì cần để ngủ và mọi thứ cần thiết khác. Nhiều người đến thăm họ, và kẻ hành hương tiếp tục nói chuyện về Thiên Chúa… [82]
Có lẽ thánh I-nhã bị giam tại tháp nhà thờ Chính Tòa Cũ chứ không phải tại tu viện San Esteban của dòng Thánh Đaminh. Điều đáng ghi nhận là tình trạng giam giữ ở Salamanca thật khắc nghiệt. Chẳng những tù nhân bị xiềng xích mà phòng giam còn tối om, và có ‘rất nhiều loại thú vật’[83]. Dầu vậy, điều đáng ngạc nhiên là thánh I-nhã mới chân ướt chân ráo đến Salamanca mà đã có bạn bè và những người này gởi vào cho ngài và các bạn mọi thứ cần thiết. Đặc biệt người sau này sẽ là hồng y Francisco de Mendoza, lúc ấy chưa đầy 20 tuổi đã là một giáo sư tiếng Hy lạp.
Mấy ngày sau, kẻ ấy bị triệu tập đến trước 4 thẩm phán: đó là các tiến sĩ Sanctisidoro, Paravinhas, Frias, và người thứ tư là cha Frias cao đẳng. Cả bốn vị đều đã đọc tập Linh Thao. Các vị này hỏi kẻ ấy về nhiều điều, chẳng những về Linh Thao, mà cả về thần học, thí dụ hiểu các điều khoản đức tin về Chúa Ba Ngôi, về bí tích Thánh Thể thế nào… Bị buộc phải trả lời mọi câu hỏi, kẻ ấy luôn luôn mở đầu bằng việc lặp lại là mình không biết ý kiến của các tiến sĩ về các điểm ấy. Kế đến, các vị ấy ra lệnh cắt nghĩa Điều Răn Thứ Nhất như kẻ ấy vẫn thường làm. Kẻ ấy mở máy, nói dài dòng và rất nhiều thứ về Điều Răn Thứ Nhất, đến nỗi các vị ấy không còn muốn hỏi thêm gì nữa. Trước đó, khi nói về Linh Thao, các vị ấy tỏ ra lưu ý đặc biệt đến chỉ một điểm ở phần đầu: khi nào một ý nghĩ là tội nhẹ, và khi nào là tội trọng? Vì kẻ ấy chưa được học mà dám quả quyết. Kẻ ấy đáp : “Xin quí cha cứ xét những điều con nói có đúng không, nếu không đúng, xin cứ kết án.” Cuối cùng các vị ấy đi mà không kết án chi hết.[84]
Đúng là thánh I-nhã bị nghi ngờ về giáo lý. Các vị thanh tra đã đọc tập Linh Thao, và muốn hỏi để biết rõ hơn khả năng và lập trường thần học của ngài.
